1. Esta aplicación se instala con ayuda de un ordenador (PC o Mac), Cydia no viene en ningún iPod touch y mucho menos es recomendado por Apple, lo que hace esta aplicación es que te permite modificar tu iPod como cambiar en donde dice iPod por otro texto, cambiar de color el teclado, agregar diferentes animaciones al iPod, agregar multigestos, etc. En fin, te ayuda a realizar cosas que no te permite editar apple en sus dispositivos. Mientras que Apple intenta eliminar la posibilidad de hacer esto.
2. Esto no afecta en nada a tu dispositivo, lo único que hace es que es una aplicación que te permite personalizar tu iPod touch a tu gusto e instalar otro tipo de aplicaciones.
3.No daña absolutamente nada, si decides eliminarlo, la única forma de hacerlo es restaurando tu dispositivo o actualizandolo.
4. Tu iPod touch lo puedes usar de ambas formas, con o sin cydia. Originalmente cuando lo compras viene sin cydia.
5. Como ya mencione, es tu decisión, Cydia te abre un mundo de posibilidades a tu iPod, te permite disfrutarlo al máximo. Es más si quieres descargar aplicaciones gratis sin tener que pagar de $13 hasta $600 puedes abrir cydia y agregar la repo: http://iphoneame.com/repo y luego buscas en cydia VShare, lo instalas y luego ingresas a esa aplicación y podrás descargar aplicaciones gratis.
Si no sabes cómo agregar repositorios y quieres más información de Cydia y del Jailbreak puedes buscarlo en google. te recomiendo una página muy buena: http://iphoneate.com
Suerte. :)